=============== Sciberia Lungs =============== .. contents:: Содержание :depth: 4 0. О продукте ===================== **Sciberia Lungs** - программное обеспечение для автоматизированного анализа медицинских изображений компьютерной томографии области легких. Целью обработки является автоматическое выявление инфильтративных и интерстициальных изменений, оценки объема этих изменений у пациентов с подозрением на вирусную пневмонию, в частности ассоциированную с COVID-19 (далее по тексту - модуль, ПО). .. note:: **Sciberia Lungs** является системой помощи принятия врачебных решений (СППВР). 0.1. Функциональность ---------------------- **Функциональные характеристики программного обеспечения**: • ПО оказывает помощь врачу в постановке правильного диагноза и принятии решения о дальнейшем лечении. • Имеет возможность автоматически обрабатывать поступающие КТ-изображения органов грудной клетки при установке на серверах медицинской организации [1]_. • Имеет возможность отправки исследований на облачный сервер Sciberia Lungs при использовании Sciberia Viewer. • Обрабатывает поступающие изображения и позволяет проводить автоматизацию процессов для задач локализации, сегментации и классификации для выявленных изменений в лёгких. • ПО увеличивает скорость анализа изображения, минимизирует возможность постановки ошибочного диагноза, ускоряет подсчет количественных характеристик. • Генерирует Secondary Capture (обработанное исследование) с результатами количественных расчетов степени тяжести поражения (по классификации КТ0-КТ4) и визуальным отображением областей легких с патологическими паттернами [2]_. • При выявлении инфильтративных и интерстициальных изменений, в частности ассоциированных с COVID-19, на выходе ПО выдаётся информация о степени тяжести поражения легких, количественные характеристики объема поражения легких в процентах (%): отдельно для левого лёгкого, правого лёгкого и общий процент поражения. • Генерирует Structured Report (структурированный отчет) с характеристиками исследования и количественными расчетами в случае наличия патологии [3]_. • Имеет веб-интерфейс мониторинга работы модуля. • Имеет возможность проводить статистику результатов работы. • Имеет возможность визуализации статистических данных. .. [1] Вне зависимости от производителей PACS-сервера. .. [2] Вне зависимости от производителей DICOM-вьювера. .. [3] Отсутствует по умолчанию, можно добавить по необходимому шаблому медицинской организации. 0.2. Системные требования -------------------------- **Минимальные системные требования**: .. table:: +---------------------------------+----------------------------------------------+----------------------------------------------+ | | Без графического ускорителя | С графическим ускорителем | +=================================+==============================================+==============================================+ | **Процессор** | 8 ядер, тактовая частота 2.0 ГГц | 8 ядер, тактовая частота 2.0 ГГц и выше | +---------------------------------+----------------------------------------------+----------------------------------------------+ | **Оперативная память** | DDR4 16 Гб | DDR4 16 Гб | +---------------------------------+----------------------------------------------+----------------------------------------------+ | **Графический ускоритель** | | Nvidia GPU 8Гб VRAM серии RTX и выше | +---------------------------------+----------------------------------------------+----------------------------------------------+ | **Операционная система** | Debian ядро версии 4.19 и выше | Debian ядро версии 4.19 и выше | +---------------------------------+----------------------------------------------+----------------------------------------------+ | **Контейнеризатор приложений** | Docker 19.0.3 и вышe | Docker 19.0.3 и вышe | +---------------------------------+----------------------------------------------+----------------------------------------------+ 1. Установка ============ - Установка и организация доступа осуществляется специалистами отдела технической поддержки компании Sciberia. - Установка на сервере медицинской организации (МО) (возможно серверное решение или установка на рабочем месте пользователя). Доступ к работе предоставляется после инсталляции модуля, при которой прописывается конфигурация PACS-сервера, с которым будет взаимодействовать модуль. .. note:: Результат обработки Sciberia Lungs является предварительным диагнозом и требует обязательной трактовки специалистом. 2. Работа с модулем ==================== Для доступа к результатам обработки модуля на рабочем месте врача должен быть установлен любой DICOM-вьювер. .. .. **Сценарий работы модуля зависит от варианта размещения:** .. .. 1. `Модуль Sciberia Lungs установлен на сервере медицинской организации.`_ .. .. 2. `Доступ к модулю Sciberia Lungs предоставляется в облаке.`_ .. .. _`Модуль Sciberia Lungs установлен на сервере медицинской организации.`: https://wiki.sciberia.ru/lungs.html#id24 .. .. _`Доступ к модулю Sciberia Lungs предоставляется в облаке.`: https://wiki.sciberia.ru/lungs.html#id27 .. .. Сценарии работы расписаны в соответствующих разделах ниже (2.1. и 2.2.) либо можно кликнуть по ссылкам выше для перехода в необходимый вариант размещения. 2.1. Модуль установлен на сервере ----------------------------------- - Модуль запускается по завершению установки и работает на протяжении всего времени, в течение которого сервер, на котором установлен модуль, запущен и подключен к локальной сети. - Модуль в круглосуточном непрерывном режиме проводит мониторинг наличия новых исследований области легких подходящей модальности и выполняет их анализ и обработку. - Доступен экран мониторинга работы модуля из любого используемого веб-браузерного приложения. 2.1.1. Автоматическая обработка исследований """"""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" Модуль Lungs на постоянной основе находится в ожидании новых КТ-исследований для обработки. - **Исследования автоматически направляются на обработку напрямую с PACS-сервера.** При появлении в PACS-сервере нового КТ-исследования модуль осуществляет подготовку КТ-изображений для обработки, пропускает для обработки только те изображения формата DICOM модальности КТ, которые содержат изображения легких. .. note:: Модуль осуществляет автоматическую обработку исследований сразу после их поступления в PACS-сервер. 2.1.2. Мониторинг Sciberia Lungs """"""""""""""""""""""""""""""""" Просмотр состояния работы модуля и очереди DICOM-изображений на обработку производится из любого используемого веб-браузерного приложения, находящегося в одной сети с сервером или АРМ, на котором установлен модуль Sciberia Lungs, с добавлением номера порта: 8080. *Окно просмотра статуса работы модуля:* В таблице отображается очередь исследований, которые были обработаны, на стадии обработки или направлены на обработку в модуль Sciberia Lungs. .. image:: images/lungs/main.png Таблица включает в себя: .. table:: +---------------------------------+---------------------------------------------------+ | Колонка | Описание | +=================================+===================================================+ | **Идентификатор исследования** | Идентификационный номер исследования. | +---------------------------------+---------------------------------------------------+ | **Статус** | Статус исследования в очереди: | | | **В очереди**, **Обрабатывается**, **Обработан** | +---------------------------------+---------------------------------------------------+ .. image:: images/lungs/main_2.png 1. Имеется отображение текущего подключения **Адрес подключения**. 2. Чтобы открыть окно статистики работы модуля необходимо нажать на кнопку **Статистика**. *Окно статистики работы модуля:* .. image:: images/lungs/static.png В таблице находятся все исследования, которые были обработаны модулем Sciberia Lungs. **Общее количество** показывает общее количество обработанных исследований. Таблица включает в себя: .. table:: +------------------------------------+------------------------------------------+ | Колонка | Описание | +====================================+==========================================+ | **Идентификатор исследования** | Идентификационный номер исследования. | +------------------------------------+------------------------------------------+ | **Статус** | Статус обработанного исследования. | +------------------------------------+------------------------------------------+ | **Время обработки** | Время обработки исследования в секундах. | +------------------------------------+------------------------------------------+ | **Поражение** | Общий процент поражения в легких. | +------------------------------------+------------------------------------------+ | **Степень тяжести** | Степень тяжести поражения по КТ0-КТ4. | +------------------------------------+------------------------------------------+ | **Левое поражение** | Процент поражения левого легкого. | +------------------------------------+------------------------------------------+ | **Правое поражение** | Процент поражения правого легкого. | +------------------------------------+------------------------------------------+ | **Левый объем** | Объем поражения левого легкого в см3. | +------------------------------------+------------------------------------------+ | **Правый объем** | Объем поражения правого легкого в см3. | +------------------------------------+------------------------------------------+ | **Общий объем** | Общий объем поражения легких в см3. | +------------------------------------+------------------------------------------+ | **Дата получения обработки** | Дата получения обработки. | +------------------------------------+------------------------------------------+ | **Дата отправки на обработку** | Дата отправки на обработку | +------------------------------------+------------------------------------------+ Статистика статусов обработанных исследований включает в себя таблицу (в количественном и процентном соотношении) и визуализацию в виде диаграмму. .. table:: +-----------------------+---------------------------------------------------+ | Поле | Описание | +=======================+===================================================+ | **Общее** | Общее количество обработанных исследований. | +-----------------------+---------------------------------------------------+ | **Без изменений** | Количество исследований без изменений. | +-----------------------+---------------------------------------------------+ | **Наличие патологий** | Количество исследований с патологиями. | +-----------------------+---------------------------------------------------+ | **Не легкие** | Количество исследований без легких. | +-----------------------+---------------------------------------------------+ | **Ошибки** | Количество исследований с исходными ошибками. | +-----------------------+---------------------------------------------------+ .. note:: Мониторинг модуля доступен только в случае размещения модуля на сервере медицинской организации. 2.2. Доступ к модулю через API ----------------------------------- Логин и пароль для доступа в **API**, где расположен модуль, предоставляется компанией Sciberia. 2.2.1 Отправка исследований на обработку с помощью Sciberia Viewer """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""" Чтобы отправить исследование на модуль обработки Sciberia Lungs выбираем нужное исследование и нажимаем на кнопку «\ **Отправить**\ » |image1|. - **Функция ручной отправки исследований на обработку доступна в программе Sciberia Viewer.** .. important:: `Sciberia Viewer`_ - программное обеспечение для просмотра медицинских исследований формата DICOM, полученных с диагностического оборудования различных производителей. ПО доступно за отдельную плату. .. _`Sciberia Viewer`: https://wiki.sciberia.ru/viewer_guide.html .. image:: images/lungs/main_v.png В появившемся окне выбираем необходимый модуль для обработки исследования органов грудной клетки - «\ **LUNGS**\ ». .. image:: images/viewer_guide1/send2.png - При нажатии на «\ **LUNGS**\ » появится следующее окно: .. image:: images/viewer_guide1/send_api3.png Из списка выбираем API и необходимую серию, пишем логин и пароль API. Можно поставить галочку в ячейке «\ **Запомнить меня**\ ». Нажимаем на кнопку «\ **Отправить**\ ». .. note:: В настройках Sciberia Viewer можно настроить параметры подключения к API. На выходе после обработки представляются те же исследования с дополнительной разметкой, а также количественные характеристики. 2.3. Результат обработки ------------------------- После обработки в локальном хранилище создаётся копия исходной серии с модальностью «SC» (Secondary Capture). .. note:: Готовые результаты обработки направляются обратно в PACS-сервер, откуда пользователи смогут просматривать результаты с помощью любого DICOM-вьювера. В случае, если ПО обнаружило паталогические паттерны, на Secondary Capture-изображении фиксируется следующая информация (обозначены соответствующими номерами): .. image:: images/lungs/det.png .. table:: +-------+----------------------------------------------------------------+ | Номер | Описание | +=======+================================================================+ | **1** | Степень тяжести поражения лёгких (КТ0 – КТ4), | | | определенная модулем. | +-------+----------------------------------------------------------------+ | **2** | Общий процент поражения лёгких. | +-------+----------------------------------------------------------------+ | **3** | Общий объем поражения лёгких. | +-------+----------------------------------------------------------------+ | **4** | Процент поражения левого и правого лёгкого в отдельности, | | | рассчитанные модулем. | +-------+----------------------------------------------------------------+ | **5** | Объем поражения левого и правого лёгкого в отдельности, | | | рассчитанные модулем. | +-------+----------------------------------------------------------------+ | **6** | Участки поражения лёгких, выделенные цветом в соответствии | | | со спектром стандарта DICOM. | +-------+----------------------------------------------------------------+ | **7** | Область срезов с выявленной паталогией. | +-------+----------------------------------------------------------------+ В случае, если модуль не обнаружил патологические паттерны, на Secondary Capturе-изображение фиксируется следующая информация: .. image:: images/lungs/norm.png .. important:: На всех изображениях новой серии присутствует текстовое сообщение, уведомляющее об обязательной трактовке специалиста: «\ **Только для исследовательских целей**\ ». 3. Завершение работы модуля ============================= Модуль работает в непрерывном, «фоновом» режиме, поэтому операции пользователя по завершению работы модуля не предусмотрены. Прерывание работы модуля возможно только в случае выключения сервера, на котором модуль установлен, деинсталляции, а также при его отключении системным администратором медицинской организации. .. |image1| image:: images/viewer_guide1/main_window_60/mw5_60.png :width: 0.39in :height: 0.39in